フリーランスエンジニアが知っておくべき税務調査対策は？トラブル回避のポイントを解説

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はじめに

フリーランスエンジニアとして働いている人が最も恐れているのが「税務調査」です。

しかし、税務調査がどのように行われるのか、どのように対応すればよいのかを把握していない方も多いのではないでしょうか？

本記事では、フリーランスエンジニアが知っておくべき税務調査の基礎知識や、調査を避けるための予防策、さらに調査が入った場合の適切な対応方法を徹底解説します。

<この記事を読むメリット>

• 税務調査の基本的な流れや仕組みを理解できる
• 調査対象になりやすい理由を知り、リスクを回避できる
• トラブルを未然に防ぐための具体的な予防策が分かる

税務調査への備えは、フリーランスエンジニアとして働き続けるためには欠かせないものです。

本記事を参考に、税務トラブルを回避する方法を学び、安心して本業に集中できる環境を整えましょう！

税務調査とは？

税務調査とは、税務署が納税者の申告内容や税金の納付状況を確認し、適正に税金が納められているかどうかを確認するための手続きです。

言い換えると、税務調査は申告内容が正確かどうかを評価される場とも言えます。

税務調査と聞くと不安を感じる方も多いかもしれませんが、正しい知識を持つことで冷静に対処することができます。

そこでここではまず、税務調査の目的と種類について詳しくみていきましょう。

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税務調査の目的

税務調査の目的は、納税者が正しく税金を申告・納付しているかを確認し、公平な税負担を実現することにあります。

具体的には、以下のポイントが調査対象となります。

• 申告内容が正確であるか
• 必要な経費が適切に計上されているか
• 適切な税額が納付されているか

特にフリーランスの場合、売上や経費の記録を自己管理する必要があるため、これらが正確に行われているかが重要です。

なお、税務調査は不正を発見するだけでなく、納税者に対して適切な税務処理を促す目的もあります。

税務調査は任意調査と強制調査の2種類

税務調査には、大きく分けて任意調査と強制調査の2種類があります。

任意調査は、税務署が納税者に協力を依頼し、事前通知のもとで行われる調査です。

通常、事前に調査の内容や日時が通知され、納税者はこれに応じて資料を提出します。

一般的な税務調査はこの形態を通して実施されることが多く、フリーランスの方にとっても最も関わる可能性が高い形態です。

強制調査は、脱税の疑いがある場合などに行われるもので、裁判所の令状に基づいて実施されます。

納税者の同意なしに帳簿や資料が押収されるケースもあるので、任意調査よりも法的拘束力が高い形態です。

強制調査は通常、重大な不正が疑われる場合に限られるため、一般的なフリーランスが対象となることは稀です。

ただし、脱税額（あるいは申告漏れ）が著しく高かったり、意図的な不正が発見された場合はこの限りではありません。

フリーランスエンジニアが税務調査を受けるよくある理由

基本的に毎年正しく確定申告をしていれば、フリーランスエンジニアが税務調査を受ける可能性はありません。

しかし、以下のケースではフリーランスエンジニアであっても税務調査を受ける可能性があります。

• 確定申告をしていない
• 申告内容に不備がある
• 不自然な経費の計上がある
• 計上漏れの疑いがある

わかりやすいように、具体的な例を見ながらそれぞれについて解説していきます。

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確定申告をしていない

当たり前ではありますが、確定申告をしていないと税務調査を受けるリスクが高まります。

「フリーランスは確定申告をするのが義務なんじゃないの？」と疑問に思う方もいるかもしれませんが、以下のようなケースでは確定申告の義務が発生しません。

• 所得が年間48万円未満の場合（基礎控除額以下で税負担が発生しない場合）
• 本業が会社員で、副業収入が20万円以下の場合（給与所得以外の雑所得とみなされるケース）

所得が基準額を超えているにもかかわらず申告を怠ると、税務署に不正とみなされても文句は言えません。

故意ではなくてもペナルティが課されることがあるため、確定申告は毎年必ず行いましょう。

申告内容に不備がある

確定申告をしていても、内容に不備がある場合は税務調査の対象となる可能性があります。

例えば、以下のような不備が考えられます。

• 記載ミス（数字の誤りや記入漏れ）
• 証拠書類の添付漏れ
• 経費の勘定科目の誤り

ただし、仮に申告内容に不備があったとしても、それが情報の記載ミスによるものであれば、経費説明や詳細な資料の提出で税務署に納得してもらえます。

特にフリーランスエンジニアの場合、売上や経費の管理が複雑になりがちです。

そのため、申告前に内容を丁寧にチェックし、ミスを極限まで減らす努力をしましょう。

不自然な経費の計上がある

経費として計上する項目が不自然である場合も、税務調査を受けるきっかけとなります。

例えば、以下のようなケースが挙げられます。

• 個人的な支出を経費として計上している
• 業務に関係のない高額な出費を経費として申請している
• 経費の割合が収入に対して過度に高い

このように、不自然と疑われるのは主に経費に関わる項目です。

「フリーランスは経費を計上できるからお得！」という意見を耳にした人も多いかもしれませんが、経費として認められるのはあくまでも「事業に関わりのある支出」のみです。

計上漏れの疑いがある

計上漏れが疑われる場合も、税務調査の対象となることがあります。

例えば、以下のような状況が挙げられます。

• 複数の取引先からの入金を記録し忘れている
• 現金収入の記録が不十分である
• 売上と請求書の金額が一致しない

これらは意図的な不正でなくとも計上漏れとみなされかねません。

特に現金取引が多い場合は、日々の記録を正確に行うことが重要です。帳簿を適切に管理し、計上漏れを疑われないように努めましょう。

税務調査の流れは？

では、税務調査が行われる場合、どのような流れで実施されるのでしょうか？

ここからは、税務調査の一般的な流れについて順を追って解説していきます。

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事前通知の連絡がくる

税務調査が行われる場合、ほとんどのケースでまずは税務署から事前通知が来ます。

通知方法はさまざまですが、一般的には電話や書面で伝えられます。

事前通知書には、調査の目的や対象期間、調査日程などが詳しく記載されているはずです。

なお、フリーランスエンジニアの場合、通知が届いたら税務署と日程を調整し、業務に支障が出ないような日時を選ぶことが可能です。

税理士がいる場合は、税理士と相談して日程を決めると安心です。

ただし、脱税の疑いが強い場合など、一部のケースでは事前通知なしに調査が行われることもあります。

強制調査を避けるためにも、日頃から適切な申告を心がけましょう。

実地調査がおこなわれる

続いて、事前通知で決めた日程に基づき、税務署の調査官が事業所や自宅を訪問して実地調査を行います。

調査官は帳簿や領収書、請求書などの書類を確認し、必要に応じて質問をします。

調査の目的は、申告内容が正確であるか、適切に税金が納められているかを確認することです。

実地調査の期間は通常1日から2日程度ですが、調査内容や対象規模によってはさらに時間がかかる場合もあります。

なお、フリーランスエンジニアの場合、売上や経費の記録が適切かどうかが重点的にチェックされます。

そのため、事前に税理士と相談し、必要な書類を揃えておくことが重要です。

税務調査の結果が届く

調査が終了すると、税務署から調査結果が通知されます。

問題がなければ「申告是認」となり、これまでの申告内容が適正であることが公的に認められます。

一方、誤りや不足が指摘された場合は、修正申告や追徴課税が課されることもあります。

なお、調査結果に納得がいかない場合は税理士と相談し、必要に応じて異議申し立てをすることも可能です。

調査結果を受け取ったら、速やかに対応し、今後の税務管理に役立てましょう。

税務調査が入った場合の対応方法

仮に税務調査が入ってしまった場合、どのような対応をするのが適切なのでしょうか？

ここでは、税務調査が入った時に取るべきアクションを詳しく解説していきます。

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事前に確認すべき書類と準備

税務調査が入った場合、まずは必要な書類を準備しなければなりません。

以下に、チェックリスト形式で必要書類をまとめたのでぜひ活用してください。

1. 帳簿類：総勘定元帳、仕訳帳、現金出納帳、売上帳、仕入帳など
2. 証憑書類：請求書、領収書、納品書、契約書など
3. 金融機関の通帳・取引明細：事業用口座の通帳や取引明細書
4. 給与関連資料：給与台帳、源泉徴収簿、給与明細書
5. 固定資産関連資料：固定資産台帳、減価償却計算書、購入時の契約書や領収書
6. 税務申告書類：過去数年分の確定申告書、決算報告書、消費税申告書など
7. その他関連資料：棚卸資産の在庫表、借入金の契約書、リース契約書

また、これ以外にも調査対象期間の記録や書類に不備がないか確認し、不足がある場合は税理士と相談して対応策を検討しておきましょう。

調査当日の注意点

税務調査当日には、冷静かつ誠実に対応することが大切です。

以下のポイントを押さえておきましょう。

1. 誠実な対応：調査官の質問には正確かつ簡潔に答えることを心がけてください。不明な点があれば、無理に答えず「確認して後日回答します」と伝えましょう。
2. 資料の提示：求められた資料を速やかに提示してください。ただし、要求されていない資料を自発的に提出すると墓穴を掘る可能性があるので控えましょう。
3. 税理士に立ち会ってもらう：税理士が立ち会っている場合、専門的な質問や判断が必要な場面では税理士に任せましょう。
4. 落ち着いた対応：調査官の指摘に対して感情的にならず、冷静に対応することが重要です。

調査当日は準備をどれだけしているかがものを言います。

必要な書類を整理しておき、スムーズな対応ができるようにしておくことが重要です。

追徴課税やペナルティを課されることも

税務調査が終わった後には、最悪の場合、追徴課税やペナルティを科される可能性もゼロではありません。

ここからは、税務調査で課される「追徴課税」と諸々のペナルティについて詳しく見ていきましょう。

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追徴課税

追徴課税とは、税務調査の結果、申告漏れや誤りが判明した場合に追加で納税を求められることです。

追徴課税には、未納分の税金に加えて延滞税が課される場合もあります。

延滞税は、納付期限を過ぎた税金に対して課される利息のようなもので、以下のように計算されます。

1. 納期限の翌日から2ヶ月間：年2.4%
2. それ以降：年8.7%

例えば、100万円の未納税額を3ヶ月延滞した場合、2ヶ月分には2.4%（約4,000円）、その後1ヶ月分には8.7%（約7,250円）が適用され、合計約11,250円の延滞税が発生します。

なお、延滞税は期間が長引くほど負担が大きくなるため、早期の納付を心がけましょう。

ペナルティ

税務調査後に課される可能性があるペナルティは以下の4つです。

1. 過少申告加算税
2. 無申告加算税
3. 不納付加算税
4. 重加算税

それぞれのペナルティについて、以下で詳しく見ていきましょう。

過少申告加算税

過少申告加算税とは、申告した税額が実際よりも少なかった場合に課される加算税です。

• 適用条件：申告漏れや誤りが判明し、追加納税が発生した場合
• 税率：追加納税額の50万円までは10%、50万円を超える部分には15%

例えば、追加納税額が100万円の場合、50万円に対して10%（5万円）、残り50万円に対して15%（7.5万円）が加算され、合計12.5万円の過少申告加算税が課されます。

ただし、税務調査の通知前に自主的に修正申告を行った場合、過少申告加算税は軽減または免除されることもあります。

無申告加算税

無申告加算税とは、申告期限までに申告を行わなかった場合に課される加算税です。

• 適用条件：期限内に申告を行わず、後日税務署が税額を指摘した場合
• 税率：50万円までは15%、50万円を超える部分には20%

例えば、納税額が80万円の場合、50万円に対して15%（7.5万円）、残り30万円に対して20%（6万円）が加算され、合計13.5万円の加算税が課されます。

ただし、期限後1ヶ月以内に自主的に申告した場合、加算税が軽減または免除されることがあります。

不納付加算税

不納付加算税とは、源泉所得税などを期限までに納付しなかった場合に課される加算税です。

• 適用条件：期限を過ぎて納付した場合
• 税率：納付すべき税額の10%（特例として5%の場合もあり）

例えば、納付すべき源泉所得税が20万円の場合、5%に当たる1万円が不納付加算税として課されます。

ただし、納付期限から1ヶ月以内に自主的に納付した場合、加算税が免除されます。

重加算税

重加算税とは、所得隠しや虚偽の申告など、悪質な行為があった場合に課される加算税です。

• 適用条件：意図的な所得隠しや虚偽記載が判明した場合
• 税率：過少申告や不納付の場合は35%、無申告の場合は40%

例えば、隠ぺい所得に基づく追加納税額が200万円の場合、35%の70万円が重加算税として課されます。

また、過去5年以内に同様の処分を受けた場合、さらに10%が加算されることがあります。

ただし、重加算税が課されるのは極めて悪質と判断された場合のみです。

正確な記録管理と毎年確実に申告していれば、まず課される心配はありません。

フリーランスエンジニアが税務調査を避けるための予防策

フリーランスエンジニアは複数案件をこなしていることも多いため、非常に忙しい職業でもあります。

そのため、できれば税務調査で無駄な時間を使いたくないというのが本音と言えるでしょう。

では、税務調査を避けるためになにかすべきことはあるのでしょうか？

ここでは最後に、フリーランスエンジニアが税務調査を避けるための予防策をいくつかご紹介します。

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収入や経費を正確に記録する

税務調査が入るのは、そもそも収入や経費を正確に記録できていないからです。

特に「青色申告」になると、複式簿記による帳簿作成が必須で、かつ確定申告書に貸借対照表と損益計算書を添付する必要があります。

具体的には、以下のポイントを押さえて記録しましょう。

1. 売上と経費の分類を明確に：売上はクライアントごと、経費は項目ごとに細かく記録しましょう。
2. 事業用とプライベートの支出を分ける：事業専用の銀行口座やクレジットカードを利用することで、プライベートな支出と事業経費を分けられます。
3. 定期的なチェック：月次で記録を見直し、漏れや重複がないか確認します。特に大きな取引があった月は注意が必要です。

これらを徹底することで正確な記録が可能になり、税務調査のリスクを軽減できます。

帳簿や領収書などはしっかり保管しておく

税務調査では、帳簿や領収書などの証拠書類が重要な役割を果たします。

不備があると経費として認められなかったり、追徴加税を徴税される可能性もあるので帳簿や領収書などはしっかりと保管しておきましょう。

なお、保管期間は原則として5年間（青色申告の場合は7年間）の保存が義務付けられています。

また、保管する際は以下のポイントを参考にしてください。

1. 電子データ化：会計ソフトなどを使って領収書をスキャンしてデータで保管すると、紛失リスクを軽減できます。
2. 分類の徹底：経費は交通費、通信費、交際費など項目ごとに分けて保管します。また、フォルダごとに年別・月別で整理しておくと後で困りません。
3. 紛失時の対応策：万が一領収書を紛失した場合は、支払先に再発行を依頼するか、出金記録などの代替証拠を用意して対応可能です。再発行が難しい場合は、メモ書きで支出内容を記録しておくことも有効です。

適切な保管が行われていれば、税務調査の際もスムーズに対応できて時間や手間を大幅に削減できます。

申告前にまとめてすると間違いが起きやすい

「忙しいから」といって申告前にまとめて処理をすると、ミスが発生しやすくなります。特に、経費の重複計上や漏れが起きやすいです。

こういったミスを防ぐためにも、日頃から以下の作業を徹底しましょう。

1. 月次でまとめる：毎月1回、収入と経費を整理する時間を確保することでミスを減らせます。
2. チェックリストを作成：提出前に「漏れや記入ミスがないか」を確認するためのリストを用意すると安心です。
3. 分担作業：外注スタッフや税理士に一部業務を依頼して自分の負担を減らす。

時間がない中で一気に処理すると、結果的に手戻り作業が発生して余計な手間を招いてしまいます。

税務関連の業務は収入に直接つながるわけではありませんが、ミスをすると結果的に無駄な作業が発生してしまい、収入が減少してしまいます。

したがって、日頃からミスを極力減らすような工夫を凝らしましょう。

税理士に依頼する

税務調査を避けるために最も確実な手段は、税理士に依頼してしまうことです。

税理士に依頼すると、もちろんコストが発生してしまいますが、その分無駄な税務関連業務を丸投げできるので、結果的にコストパフォーマンスは高くなります。

計算ミスによる追徴課税を回避できるだけでなく、最新の税法に基づいた節税策もアドバイスしてもらえるため、手元に残る収益を最大化することが可能です。

また、税務調査が入った場合にも税理士が窓口となり、調査官とのやり取りや追加資料の準備を代行してくれるため、自分自身の業務に支障をきたすことなく調査を乗り切ることができます。

さらに、税理士は日々の経理業務についてもアドバイスしてくれるので、帳簿管理も効率的になるでしょう。

したがって、フリーランスエンジニアとしての本業にのみ集中したいのなら、税理士への依頼を検討しましょう。

フリーランスエンジニアの仕事探しはエンジニアスタイルがおすすめ

フリーランスエンジニアになったばかりの頃は、案件の探し方で悩むことも少なくありません。

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まとめ

本記事では、フリーランスエンジニアが知っておくべき税務調査の基礎知識から、調査の流れ、トラブルを避けるための予防策、さらに実際に調査が入った際の対応方法について解説しました。

フリーランスという働き方が一般的になる中、税務調査に対する理解と対策はますます重要性を増しています。

確定申告や帳簿管理の正確さを保つことは、調査の対象になりにくくするだけでなく、自身の収益状況を把握することにもつながります。

正しく対応することで、税務調査がスムーズに進み、余計なストレスを軽減することが可能です。

今後も税務制度や調査の手法が変化する可能性がありますが、基本を押さえた上で最新情報を常にキャッチアップして税務調査対策をしていきましょう。

「エンジニアスタイルマガジン」では、今後もこういったフリーランスエンジニアにとって役立つ最新情報を随時お届けいたします。

それでは、また別の記事でお会いしましょう。今回も最後までお読みいただきありがとうございました！

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